Buenas,
Solucionado, por si le sirve a alguien... para que no este en fallo el servicio dentro del script en la funcion stop la señal que hay que enviar al proceso para matarlos es "Hang Up" con "kill -HUP $PID" o "kill -1 $PID", el pid ya lo sacáis como veáis... en mi caso a una variable $PID...