¿Desinstalar programas en Linux?

Hace poco me baje e instale (a traves del terminal) SciLab y me gustaria quitarlo pora poner la ultima version que tienen. ¿Saben como se hace esa operacion? Es que al instalarlo se me ha creado una carpeta en el escritorio donde esta metido todo el SciLab.

Soy algo novato en esto de instalar/desinstalar en programas en linux y quisiera hacerlo bien. En win siempre me quedaban restos de programas que no podia quitar y a veces lo desinstalaba bien.

Gracias.

Herealizado lo que me has dicho, entrando como usuario normal (no superusuario) hasta la carpeta que queria eleminiar, le di a "make unistall" y me respondio con 4 acciones (puso 4 cosas en el terminal quiero decir) despues le di a "make clean" y ha estado un rato realizando operaciones, pero me ha puesto lo siguiente:

make[1]: Leaving directory `/home/chan/Desktop/scilab-4.0/examples'
making clean in man...
make[1]: Entering directory `/home/chan/Desktop/scilab-4.0/man'
make[1]: *** No hay ninguna regla para construir el objetivo `clean'. Alto.
make[1]: Leaving directory `/home/chan/Desktop/scilab-4.0/man'
make: *** [clean] Error 2

Se ha parado y no me ha eliminado completamente lo que habia en la carpeta.

¿Que puede estar pasando?