Comunicacion a traves de puertos

Uy pues no se pero en Java existe el API java.comm con el cual controlas los puertos, pero los colores no creo que se maneje asi como tu dices de que es pixel por pixel, no se en realidad aunque por vi una api para el manejo de escaneres, no recuerdo como se llama en estos momentos, y la otra seria analizar la imagen ya cuando la tienes digitalizada.

Tal vez teniendo una mejor idea de lo que quieres hacer te pueda prestar mejor ayuda