Consulta de slot para la tarjeta de video

Hola amigos, tengo ciertas dudas con una tarjeta de video que tiene mi hermano, durante un viaje que tuvo enviaron la pc para hacerle mantenimiento, con tan mala suerte, que los que lo hicieron dejaron el cableado de la fuente haciendole peso a la tarjeta de video, por lo cual torcio un poco la tarjeta de video y a su vez con el tiempo, termino dañando el slot primario de la tarjeta de video, el pci-e x16 y quedo inservible solo ese pslot, la tarjeta de video aun funciona de milagro(puesto que la probe en otro pc), mi pregunta es que si la pongo en uno de los puertos de expansion segundarios, osea los otros pci-e ..daría el mismo rendimiento? o estaría reducido? les muestro que board es y que tarjeta de video son en cuestion. mi pregunta es porque algunos me han dicho que no funcionaria igual, la verdad no se porq?
1- Board MSI Z87-GD65 GAMING, LGA 1150
2- Geforce GTX 660 Ti Power Edition 2GB

muchas gracias por las respuestas, he puesto la tarjeta en el puerto segundario, pero no quería dar video, y entraba unicamente con la integrada, luego de voltear un rato, ya la reconoció...pero al iniciar, es como si hubiera un cuello de botella, porque el led indicador del procesador muestra al tope, se queda un buen rato asi, hasta que carga después de unos 5 min... sin la tarjeta entra con normalidad en 5 segundos, luego de reconocerla después de todo ese tiempo, el pc trabaja con total normalidad, rápido y sin contratiempos, ahora revisando me aparece como si pidiera actualizaciones varios controladores, cuando nunca he hecho nada de cambios salvo ese único cambio, y cuando realizo búsquedas me aparecen todos los programas como muestro en la imagen, la verdad no se que mas hacer para volverlo a la normalidad.