Cygwin y Gfortran

Queridos Amigos de lanerso desde hace mas de 1 año vengo realizando mi tesis de grado, estudio ingenieria quimica y como se podran imaginar no tengo la mas minima idea de linuX, ultimamente he necesitado muchisimo el programa AUTO cuya version ultima es 07p http://indy.cs.concordia.ca/auto/ es un software para ecuaciones diferenciales y bifurcacion muy muy bueno, el propblema es que es un software para LINUX, y uno baja el source y toca compilarlo, esta hecho en fortran 90.

El gran propblema es que he instalado el Cygwin y el Cygwin/X para emular el sistema operativo linux desde mi PC, resulta que Cygwin no posee ningun compilador para el sistema fortran 90 asi que he bajado uno desde la pagina http://gcc.gnu.org/wiki/GFortranBinaries donde hay un download para cygwin, segui las instrucciones muy atentamente e hice lo que las instrucciones dice despues de tener instalado my Cygwin, cuando trato de compilar el progrma usando ./configure, y sale un error que dice que el programa no es capaz de compilar archivos .f90, lo cual no deberia ser cierto ya que tengo el gfortran para Cygwin instalado e hice lo que decia en las instrucciones. Me meti a ver el configure y lo poco que entendi, vi que el configure chequea los flags del compilador y que aparece que el flag del compilador que dice si este es capaz de compilar archivos de fortran 90 aparece como unkwown y esto no permite que el programa configure haga el mafile. Podria alguein decirme como instalr el gfortran para Cygwin de manera que pueda este compilar archivos f90??, podria alguen decirme que debo hacer para cambiar este flag del compilador?, podria alguien ayudarme a compilar correctamente este archivo o este programa ???
por favor si alguien sabe de lo que estoy hablando porfavor ayudeme que necesito poder utilizar este software para graduarme de ING muchas gracias

Juan Bernardo Restrepo. (BARNY) manizales