incluir codigo javascript via ajax, no funciona asi como te comento @jalf puede ser la solucion, lo mismo cuando incluyes texto con tildes, caracteres especiales no salen sino un cuadrito.
Lo de las tildes y eñes
también me paso hace mucho y lo solucioné en ese entonces mandando en la cabecera que era utf-8
PHP:
header ('Content-type: text/html; charset=utf-8');