jeje, no es que uno sea mejor que el otro, eso depende de lo que vos queras hacer, si vas a montar un webmail se supone que trabajarias con IMAP, si vas a configurar un servidor web normal puedes escoger POP3 o IMAP, la diferencia está en que con IMAP, los mensajes se quedan en el servidor, con POP3 lo que haces es bajar los mensajes a tu pc.