Pues los mismos... o es que en linux ud no va a hacer lo mismo que en windows? lo primero que uno hace al instalar su sistema, es el reproductor de mp3 (xmms)... el navegador (galeon, mozilla, netscape o opera) ... el MSN (gaim, gaber, amsn, imici) ... el IRC (xchat, irssi, kirc, BitchX, epic) ... la suite de oficina (OpenOffice, StarOffice, Koffice, gnome-office)...
Y los que son programadores, pues instalan sus compiladores, el de C, el de Java, etc...
Los que quieren aprender a programar para WEB, instalan Apache y sus modulos (PHP, perl, python), o Tomcat (para los jsp's).
Los que quieren jugar, pues instalan quake o UT o UT2k3...o el juego que quieran...
etc.. eso depende de cada quien.. preguntar "que programas me instalo?" , yo le respondo con "que quiere hacer con su maquina?"...