El formato AAC tiene bastantes ventajas sobre el MP3, principalmente para ellos por que pueden agregarle protección contra copia a esos archivos mientras que los MP3 no.
En calidad el AAC es ciertamente más optimizado pesa menos y en el espectro de sonido abarca mucha más información (desde 8 Hz a 96 kHz) mientras que el MP3 (16 Hz a 48 kHz) hace "pensar" menos al iPod lo que se traduce en una mayor duración de la batería, yo logré meter muchas más canciones al iPod en AAC y el ahorro en el iPod de 60GB fue de casi 15 GB de ganancia (mucha musica más)
más info en:
http://es.wikipedia.org/wiki/AAC
http://en.wikipedia.org/wiki/Advanced_Audio_Coding
Cuando haces la conversion a AAC en el mismo iTunes, el NO borra el MP3 original, sinembargo puedes llevar un orden creando listas inteligentes en iTunes para separar las AAC de los MP3 y luego poderlos borrar.
La consolidación de la libreria es el proceso de guardar todo lo agregado a la libreria en un solo lugar, muy efectivo cuando hemos desactivado la opcion de "mantener la libreria organizada" y "copiar archivos a la libreria automáticamente" si no lo haz desactivado no hay necesidad de consolidar nada (ya está todo en el sitio que debe estar).
Sobre el formato AAC para hacer grabaciones de CDs de audio (o de Mp3) no hay ningun problema, itunes hace las conversiones de forma rápida y con buenos resultados.
La duplicacion de archivos al consolidar librerias es algo que debemos tener en cuenta, itunes no borra nada y lo máximo que hace es enviar a la papelera aspi que hay que tener buen espacio en disco para hacer estas tareas.
Saludos