Los programas de instalación realizan cambios al registro de windows, copian y registran archivos, actividades normales de todos los programas y no tienen porqué generar problemas.
Es posible que otro proceso esté usando toda la CPU y por esto se reinicie, pulse ctr+alt+supr para ver el uso de cpu.
Si no se está usando toda la cpu, verifique temperatura (por medio de speedfan), o si instaló un programa muy viejo (ya que algunos instaladores viejos sobrescriben archivos dll nuevos por viejos, y esto genera problemas mas adelante debido a la ausencia de algunas funciones).