De que hablan!, javascript no tiene nada que ver con la máquina virtual de java, los scripts se ejecutan sin necesidad de la máquina.
Seguro entraste a alguna página que tenía un script sospechoso entonces el IE te sacó el mensaje para deshabilitar esta función y así se quedó. La vuelves a activar por opciones de Internet (p de control o ie).
Ahora, virus? javascript se ejecuta directamente en el cliente (ie) y no tiene funciones de escritura en disco local y server, tampoco de ejecución externa de programas.
Se sigue desactivando? puede ser un software aparte que te está modificando esta característica. Entre esos sox, están los dizque aceleradores de donwload, y otros.