Un API es una serie de funciones que tienen una finalidad especifica.
Por ejemplo ud tiene que hacer un programa que hable con una PALM, puede utilizar alguna libreria ya existente que hable con la Palm, esa libreria seria un API.
API es un concepto, nada mas.
No soy muy experto en Windows, pero me imagino que el API de Windows sera una serie de funciones que le permiten hablar con el OS, por ejemplo crear ventanas, crearle los widgets, leer el clipboard, etc, etc.