Corre el HDTune o el HDDRegenerator, y apenas salga el primer sector defectuoso, mira la posicion donde se encuentra dicho sector (eso se muestra en Bytes, MB, GB o sectores), y a partir de allí crea la partición, dejando un poco de espacio antes de dicho sector.
Es decir, si el primer sector dañado se encuentra en la posición de 185GB, pues simplemente hace una partición primaria hasta unos 180GB (donde quedan los sectores buenos), y luego hace otra partición a partir de esos 180GB hasta el final del disco, que es donde quedan los sectores defectuosos, y la idea es no tocar esa partición.
Obviamente se pierde bastante espacio, pero al menos queda con un disco funcional, al menos hasta que bajen de precio los discos y pueda reemplazarlo por uno nuevo.