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Esto me paso a mi y lo que hice fue tocar el .ini hasta que quedara perfecto. Esta fue la asignacion de botones y cambio de analogos para mi dualshock 4:
Start=9
Select=8
Circle=2
Triangle=3
Square=0
Cross=1
L1=4
R1=5
L2=6
R2=7
L3=10
R3=11
R<->L=1