Pues, a ver, segun se puede ver en el contenido de un archivo zip, el archivo resultante no es el que esta comprimido, es su contenido, el archivo resultante es no mas un empaque para contener dichos archivos (porque sino fuera asi uno podria comprimir un archivo comprimido y luego comprimir éste y asi hasta lograr una cosa muy comprimida, cosa que obviamente no es asi). Eso es muy bueno como para organizar el espacio en disco y me refiero no en el tamaño de los archivos, sino en la cantidad. Pero lo que tambien he visto es que dentro de ese "empaque" cualquier tipo de archivo se comprime segun el algoritmo usado (obviamente no todos los archivos se comprimen con igual porcentaje), Entonces que bueno seria que hubiera algun programa que permitiera comprimir los archivos seleccionados pero dejando el empaque a un lado. Imagino que de esto ser posible, lo archivos comprimidos quedarian ilegibles para el sistema, pero imagino que se solucionaria instalandole al sistema algun plugin para que al leerlo lo descomprima y lo lea... bueno eso seria mas una idea para algun programador si es que el programa no existe aun.
Ahora, porque querer hacer eso, sencillo, para optimizar el espacio libre en disco optimizando el tamaño de sus archivos (esto es comprimiendolos lo mas que se pueda pero que aun queden legibles para el sistema).
Porque digo esto?, porque ando cacharreando con el Thinapp (anteriormente thinstall) y él cuando esta construyendo el ejecutable portable, tiene una opcion para comprimir todo el contenido, incluso archivos particulares del programa, y aun asi comprimidos el ejecutable portable los abre normal