Cual es la manera optima de controlar los QUERYS para aplicaciocnes web

que tal compañeros
me tope con un gran problema con los querys; q por mas sencillo q paresca desarrollar una consulta este se va complicando cada vez mas cuando de miles de registros se trata, aun soy un poco nuevo en esto de las base de datos pero eh escuchado de PAQUETES, STORE PROCEDURES, que pueden aliviar la carga a una aplicacion web por ejemplo

en mi caso eh desarrollado bajo PHP un script q realiza una consulta con el query dentro del script y pues eh notado q por ratos la respuesta no se llega a dar, por q revaza el tiempo otorgado del servidor apache al script que por lo general es de 30 segundos, al principio seria conveniente modificar este tiempo en el PHP.INI pero es una solucion engañosa en si el problema persiste solo q damos una solucion engañosa, la idea es optimizar el tiempo de respuesta a nivel que obtenga resultados satisfactorios en el menor itempo posible y a la vez tener bien administrado todos mis QUERYS

es gracias a esta duda q espero que sus comentarios me puedan ayudar, como siempre muchas gracias a todos...

me parecen muy claras las recomendaciones dadas por mis compañeros, en especial dado por el tiempo de respuesta me eh puesto a comparar cuando la sentencia esta amarrada a la base de datos y cuando este alojado en la aplicacion pues se ve una gran diferencia, en cuanto al orden pues pasaremos a organizar los querys dentro de ellas

bueno por ahora estoy trabajando con PHP quisiera saber si han utilizado los STORE PROCEDURES lo estoy investigando y paso probarlos, a penas encuentre la forma, les estare comentando