Bueno, este tema no es ni simple ni dificil, vamos asi:
para instalar linux nesesitas una particion de algun tipo compatible con linux, ext, o reiserFS, hay mas, pero esos son unos ejemplos. tambien nesesitas una particion swap, que vendria siendo la memoria virtual de linux. esta particion debe ser del doble de tu ram, no obstante, en caso de que tu memoria sea de 2 gb o mas, la suma entre la ram y la swap no debe exceder los 4gb, es decir, si tienes 2gb de ram, haste la swap de 2 gb; si tienes 4 de ram, no hagas swap.tambien podrias crearte una particion para tus cosas, para en caso de formateo no perderlas.
para instalar windows la cosa es mas sensilla, solo nesesitas una particion , de preferencia tipo ntfs. y supongo que mantienes la costumbre de crear una particion para guardar cosas, para no perderlas al formatear.
entonces quedariamos con 3 particiones obligatorias y 2 opcionales
Obligatorias:
1 tipo linux
1 swap
1 ntfs para windows
Opcionales:
1 tipo linux para datos
1 tipo windos(ya sea fat32 o ntfs)
eso es en cuanto a particiones, ya el compañero te explico que primero instales windows y despues linux.
solo te añado, que a lahora de crear las particiones en windows, dejes el espacio sin particionar para las particiones linux. esas las creas mientras instalas.
ahora con respecto a tu duda:
si se te daña el windows, sera un gran problema con el grub, ya que al reinstalar windows, este sobreescribira el MBR y colocara su propio "menu" el cual ignora de un todo a linux. mi recomendacion: por ahi vi un cd llamado supergrubrecovery, o algo asi, nunca lo he usado, pero siempre se leen maravillas, la otra es editar desde un livecd el grub, pero ya eso es algo un poco complejo, nuestro compañero Neon ya te ha dicho, puedes buscar tutos, sobre la edicion del grub y la recuperacion de este despues de una instalacion de windows.
cualquier duda sobre la instalacion de linux, porfavor hacerla en el foro correspondiente.
saludos