Me encuentro constantemente con sxs.exe y autorun.exe y estos no tienen ese comportamiento, no creo que sea un virus específicamente lo que haya dañado sus archivos, lo que pasa es que ha salido mucho virus que no está diseñado para que el usuario les haga doble clic (como los que se propagan via disquetes, se copian con un ícono de imagen y uno les hace doble clic pensando que es una imagen), sino que son ejecutados automáticamente cuando uno visualiza el contenido con el explorador de windows, ya que guardan un archivo de configuración que configura este comportamiento, el problema es que todos los virus se copian con .exe distintos pero tienen el mismo archivo de configuración, me pasó en un café internet que tenía tres virus de estos, cuando uno insertaba la memoria se copiabbn los .exe de los tres, pero cada uno restauraba este archivo de configuración y al poco tiempo verificaban si el contenido había cambiado, y había cambiado porque otro virus lo había modificado a su conveniencia para que se ejecutara ese y no el otro, entonces lo arreglaba, pero el otro virus volvía a modificar este archivo y así la memoria tenía el indicador parpadeando a toda ora, porque estaba leyendo y escribiendo, y uno no podía retirar la memoria con seguridad obviamente porque se estaba usando, si uno de desesperado arranca la memoria en ese estado es seguro que se pierdan o dañen datos porque las memorias deben retirarse únicamente cuando no se está realizando ninguna operación sobre ellas.
Por ejemplo en su caso el último virus que arregló el contenido de este archivo fue sxs, pero si lo hubiera dejado un tiempo más ya el contenido no abriría al sxs sino al autorun, por ejemplo.
Como este problema depende de los demás y no de uno, la única forma de solucionarlo es evitar insertar equipos que tengan windows, y tengan varios de estos virus, aunque así tengan un av es un riesgo porque muchos avs no detectan estos tipos de virus, por ejemplo el av avira antivir (que tiene un alto grado de detección) no detecta uno que se copia como /recycler/recycler/autorun.exe, el nod32 hace un tiempo no detectaba el soundmix.exe, etc, yo lo que hago es apagar el computador y retirarla cuando el pc esté apagado (cuando se usa windows) , y en lo posible insertar la memoria en equipos con linux.
