Factory Reset borra la particion de data, cache y user apps (lo que lo retorna a lo que dice el nombre, pues el estado como si uno lo hubiera abierto recien destapado de fabrica [no aplica para Custom ROMs, pero es analogo]), que es casi lo mismo que Wipe Data o fastboot -w u otras cosas que hay para hacer
Normalmente, en casi todos los Android 10+, la particion de system no se puede tocar dentro del sistema, por lo cual, con un Factory Reset, pues cualquier aplicacion instalada aparte DEBERIA borrarse... pero esto a veces no sucede y a veces hasta exploitean para instalarse en algun otro lado y/o en system...
Lo mejor para estar seguro seguro, seria desbloquear el bootloader para instalar una Custom ROM bien rara que flashee todas las particiones que pueda y volver a la stock ultima y relockear el bootloader, obviamente con su susodicho Wipe Data/Factory Reset