Hay unos scripts muy buenos para nautilus (Gnome) que te permiten hacer todo de manera grafica, cuando estas explorando le das click derecho a la ventana y seleccionas entrar como root, ya te abre otra ventana donde tenes permisos sobre todos los archivos, al hacer click derecho ya los podes cambiar.
No recuerdo de dode los baje, creo que por el automatix.
Saludos!