Meickol es que el uso de batch es para no tener que entrar al server de mysql... o sea dentro del archivo batch están los comandos que se ejecutarían dentro de "mysql> " por ejemplo el archivo tendría ésto:
--iniciodelarchivo
select * from usuarios;
delete from temporal;
--findelarchivo
Y es lo que ejecutarías desde el shell (línea de comandos)
Ahora guarda las líneas anteriores en un archivo que lo llames prueba.txt y luego por la línea de comandos pones:
lin
[root@#]>mysql -u usuario -p password basedatos < prueba.txt
win
c:\>mysql -u usuario -p password basedatos < prueba.txt
y te sacaría el resultado de las consultas... obviamente debes entrar con el usuario, la contraseña y la base de datos a la que quieres ejecutar los comandos del archivo prueba.txt