A mirado las cosas por el lado de la replicacion? la duplicidad de registros por donde se genera y como?
Esa seria la opcion mas indicada o incluso centralizar todos los registros en una sola maquina haciendo uso de historicos ya que al fin y al cabo va a incrementar el performance de las consultas, sin embargo la empresa quiere esa solucion para YA y no estan dispuestos a hacer ese cambio de infraestructura y logistica asi que toca a punta de software asi sea un remiendo. La centralizacion de informacion por el momento no me ha fallado haciendo uso de instancias de cada servidor, sin embargo hay ocasiones en los que las paginaciones ponen problemas o al agrupar por una columna X siguen saliendo resultados duplicados por lo cual me va a tocar centralizar eso por medio de PHP aunque aun no se me ha ocurrido como hacerlo