Bueno, si afirmas que son programas residentes en Mem, es porque sabes cuales son, verifica si están como servicios (en las Herramientas Administrativas) y lo deshabilitas, y luego tratas de desinstalarlo.
En caso de que no se encuentre como servicio, debes ir a verificar en el registro que no se encuentre en Run
HKCU/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Run.
HKLM/SOFTWARE/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Run.
HKU/.DEFAULT/Software/Microsoft/Windows/CurrentVersion/Run.
No está por demás que revises los .INI del Windows (No mencionaste cual Win estás utilizando)
Ten cuidado con lo que borras del registro.