Creo que el problema es el tiempo de relación laboral que hay. Un empleado "normal" si puede descontar viáticos no permanentes de su declaración (ni los tiene que poner pues no son ingresos), pero en su caso que es independiente (entiendo que a ojos de la DIAN sería independiente), no es tan clara la cosa, de hecho he visto artículos donde dicen que la DIAN solo reconoce viáticos cuando existe relación laboral, en contratos de prestación de servicios no se reconocen gastos como viáticos.
Retención en la fuente e impuesto a la renta en los viáticos permanentes y ocasionales que se pagan al trabajador.
www.gerencie.com
Costos y deducciones en la declaración de renta de las personas naturales.
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Con base al artículo del enlace, podría deducir los gastos que tenga 100% soportados (muy complejo algunas veces y tiene algunos límites).
Lo de salud y pensión si es bien complejo, porque si va a declarar renta digamos que ganó $100mios en el año, y no pago nada de seguridad social, pues es evidente para la DIAN que algo anda mal