como asi "manejar" ?
si lo que queres es que windows se comporte como multiusuario, pailas.. eso no se puede.
Si lo que queres es que te aparezca en tu pantalla el escritorio de la makina windows, y manejarla, ahi si no se.. y ahora que lo decis, seria una buena idea desarrollar algo asi.. algo como el PC Anywhere.. o esas herramientas pa manejar makinas windows desde makinas windows, remotamente.. pero desde linux..
O, si lo que queres es joder en la maquina windows desde la maquina linux, podes instalar en la maquina windows el popularisimo BO (Back Orifice), es un troyano que te permite hacer bellezas desde borrar archivos, matar procesos, iniciar procesos, apagar la maquina, sacar mensajes en pantalla, etc. el problema es que los antivirus lo detectan y lo borran, tonces te tocaria deshabilitar el antivirus...