bueno compadre
Suele suceder ke los virus se metan a las raíces de los discos, y como tienes dos particiones entonces tienes dos raíces, entonces lo ke debes hacer es formatear y cuando tengas listo, no intentar entrar en D, déjalo ahí; luego reinicias por modo a prueba de fallos, abres al explorador, entras en Herramientas à opciones de carpeta àver ahí le das à mostrar todos los archivos y carpetas ocultos, chulito!!
Ahora en esa misma ventanita en la parte de abajo hay un ítem que se llama à ocultar archivos de sistema protegidos por el Sistema operativo, entonces a ese le quitas el chulito!!; aceptar. Aceptar.
Luego te paras en el explorador en la parte derecha sobre C: y miras si vez archivos sospechosos y los borras, de igual manera con D:, con memorias usb, con celulares, en fin todos los medios de almacenamiento ke tengas.
Toca que sea siempre por el explorador, no por las ventanas ke abre de dispositivo nuevo por ke si le das ahí activas el virus, mientras ke si te paras por el explorador en la parte derecha no.