Por si a alguien le sucede lo mismo que a mi escribo este post para explicar la solución al problema. El caso es que los JInternalFrame no dibujan correctamente los JComponent a pesar de modificar su paintComponent(), la solucion es sustituir el JComponent por un JPanel modificando su paintComponent(). De esta forma obtendremos el resultado esperado.
Un saludo.
Un saludo.