No hay ningun problema a excepcion de que pierdes la garantia del equipo.
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Pues en realidad, yo tenia un Motorola Milestone y com a los 8 meses se daño el boton de Apagado, lo podia prender todavia con el cargador cuando se apagaba, y le tenia CM6, lo envie a reparacion y ni siquiera pusieron problemas... Solo que cuando me lo entregaron estaba con el Firmware de fabrica.
Despues de unas 2 semanas se me volvio a dañar, esta vez media pantalla tactil, pero por si acaso, como habia sacado un backup del Firmware original de hace muchos meses, se lor estaure y lo envie a garantia... Despues de un rato en vez de repararlo me dieron uno nuevo!!! Weee.. Aunque ese ya lo vendi y ahora tengo un S2 con CyanogenMod9, cuando tenga problemas le restauro el backup del Firmware original que hice....
Por cierto, a un amigo con el mismo celular Milestone se puso a molestarlo con FIrmwares y lo "brickeo", no prendia ni nada (claramente un problema de software y no de hardware). Lo llevo a la garantia de Tigo, y se lo devolvieron a unos pocos dias con el Firmware original pero en la carta de la garantia decia: "Por favor no instalar o usar software no autorizado"... pero igual le valieron la garantia....
En mi caso pense que me iban a cobrar o algo, eso fue lo que me dijeron por Twitter Motorola COlombia y Tigo... Pero al final no hubo problema..
No se como sea en otros operadores, o si haya cambiado algo (Eso fue hace como 6 meses)