El programa parece que es buenísimo por lo poco que he podido leer, lo estoy descargando, también estoy buscando tutoriales para tratar de hacer lo que usted dice, tiene algún ejemplo de los pdf´s que ha modificado?
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Por otro lado para los que se inician en el mundo de este lector electrónico le recomiendo que pasen por él que en mi concepto es el mejor blog en español dedicado al kindle:
http://miexperienciakindle.blogspot.com/2010/12/indice.html
Para terminar, por si no lo recuerdan soy poseedor de un kindle DX y en este primer semestre lo exprimí leyendo mucho manga, y usando muchos pdf, y les quiero contar que empece a usar el software Abby Fine Reader en un principio para hacer conversiones OCR, pero ahora he optado por usar este soft modificando los pdf de la siguiente forma: convierto todas las tablas y graficos como imagenes con el abby y dejo el texto normal, posteriormente con ayuda del calibre lo paso a formato .mobi y obtengo un ebook casi perfecto, se comporta mucho mas rapido que como lo hacia con un pdf, no hay necesidad de hacer zoom, las imagenes convertidas se ven perfectas, lo unico es que no siempre las imagenes quedan en la posición original, algunas veces hay un desfaz, pero creo que la calidad del texto en general lo amerita, y lo mejor funciona muy bien con el kindle 3. saludos.