Bueno como dijo leonard128 el abby finerader es excelente, lo que yo he hecho es digitalizar el pdf que necesite, luego lo paso a html, y luego lo paso a mobi con calibre. Solamente haciendo esto el resultado es muy bueno.En este proceso pueden quedar algunos errores, pero es el mas sencillo que he encontrado sin dedicar mucho tiempo ni esfuerzo,ademas la diferencia es bastante notoria, pero si le puede dedicar mas tiempo, y mejorar por ejemplo los indices, como quiere randu2005, dentro del abby cuando digitalize el documento puede modificar lo que necesite, o también puede modificar ya el html, aunque tendria qe tener conocimientos de html, que la verdad no es dificil, pero para documentos largos, se tendria que dedicar un buen tiempo.