Pues normalmente uno busca un bajo seco que no tenga mucha reverberación. Por ejemplo, cuando se escucha en vivo un tambor el golpe es seco y corto, lo mismo que con un tiro o una explosión, el sonido no se queda en el espacio resonando,. Esa resonancia que mencionas normalmente la da el espacio en el que se graba o en el que se reproduce el sonido.
En que parte se encuentra instalado el bajo? En una esquina, debajo o detrás de un mueble, a lo largo de una pared... todas las anteriores opciones afectan el desempeño del bajo. Incluso, si el bajo se encuentra en toda la mitad de la pared vs. en un tercio o un quinto del largo de la pared, puede haber cambios en el sonido.
Sugiero que experimentes un poco cambiando la posición del bajo en la habitación. Preferiblemente dejar todos los ajustes de la tarjeta y la ecualización en neutro para que no afecten la prueba. La otra opción, aunque un poco engorrosa, es que ubiques el bajo encima de la silla, a la altura en la que te sientas y lo pongas a sonar. Una vez esté sonando empieza a deslizarte por el piso a una altura no mayor de donde queda el bajo (apoyado en el piso - 20cm a 30cm normalmente) hasta que encuentres un sitio donde suene como te gusta. Después simplemente colocas el bajo en ese sitio y automáticamente debería sonar mas a tu gusto cuando te sientas en la silla. Como mencioné, es engorroso pero cuando no se tiene experiencia, ni equipos de prueba, esta es la manera más práctica para lograr buenos resultados.