Saludos
Te recomendaria primero verificar disco con utilidad de discos (Launchpad (aplicaciones)-utilidades-utilidad de discos - primera ayuda - verificar disco) para que de antemano compruebes el estado de tu disco y el sistema de archivos.
En caso que te aparezcan errores en el disco ANTES de dar click en "reparar disco" haz una copia de siguridad de los archivos pues si lo reparas sin hacer la copia corres el riesgo de perder archivos o te puede impedir el acceso al S.O. en caso que falle la reparacion. En este ultimo caso haz formateo o llevalo a servicio tecnico.
Si no se visualizan problemas al realizar la verificacion de disco continua con la reparacion de permisos como indica DonPosada o bien puedes utilizar las siguiente herramienta:
Onix for Mac:
http://www.macupdate.com/app/mac/11582/onyx
El automatiza el proceso de mantenimiento y verifica de antemano disco y repara permisos ademas de ejecutar otros scripts para mejorar rendimiento. En esa pagina lo puedes descargar segun la version de tu sistema operativo, solo es que elijas la opcion de automatizacion con los items que desees optimizar.
Otra forma sencilla de optimizarlo (te recomiendo solo luego de veificar el disco y si el disco sale ok ) es iniciar el equipo en modo de arranque seguro: con ese modo el trata de corregir en errores de disco y permisos, ademas que limpia cache entre otros. Para usar este metodo solo presionas la tecla shift al momento de encender el equipo antes del sonido (POST). si lo haces bien notaras que debajo de la manzana aparecera una barra bajo la manzana de arranque y se demorara algo al encender (no lo apagues durante ese proceso). El equipo al iniciar en ese modo lo veras algo lento pero luego de reiniciar el equipo nuevamente mejorara el rendimiento.
Espero sea de tu ayuda esta guia
