Los creadores de las series han dicho muchas cosas (alias), la explicacion de que Kal-el puede y Clark no, la dijeron simplemente para tratar de no contradecirse, ademas recuerdo hace varios anios que dijeron que la serie iba a terminar cuando Clark saliera del High School.
Es probable que Clark no vuele hasta el ultimo capitulo, asi como es probable (viendo las influencias) que hagan algo similar a lo que hicieron Spiderman y Batman Begins y nos muestren tambien, la evolucion de Clark en su cargo como Superman (primer intento de disfraz, inventandose un nombre... cosas asi) en el momento que empieza a dominar el miedo a las alturas, y con eso el poder volar.
Yo diria que la razon mas convincente para decir eso, era lo costoso que pudo haber sido en esa epoca una escena de Clark en vuelo, pero con el aumento de ingresos y la rebaja de las tecnologias, deben estar buscando alternativas (porque la secuencia donde Clark vuela es espectacular) porque finalmente, es lo que la gente quiere ver.
Cheers