Se me hace raro el problema, a mi alguna vez me paso que tenia mas de un mando conectado y los botones los configuraba bien pero la direccion la tomaba del otro mando, solucion: mi solucion fue desconectar todos los mandos y dejar solo el que iba a configurar, puedes verificar los mandos activos en su sistema en panel de control > dispositivos de juegos, a lo mejor de una u otra manera le esta detectando mas de uno, tambien en esa opcion haga un test de todos los botones y los ejes para descartar que todo este normal.