La recomendación mas importante es que decidas dejar suficiente espacio en la partición donde vas a instalar el sistema operativo, es decir si tienes un disco de 500 GB y hace tres particiones, es mejor que dejes unas 100GB a 150GB en el disco principal y que te repartas ya sea 400 o 350 en los otros dos discos duros.
Otra cosa importante es que cuando seleccione hacer la partición obviamente desde la Utilidad de Discos, jejeje selecciones la opción "Mac OS Plus (con registro)".
Ahora bien, si lo que quieres es tener un disco externo o una USB con varias particiones y que una de ella sea leída por windows entonces selecciona la opción "MS-DOS (FAT)".